西方从中世纪开始，一直是被神学宗教所统治，后来哥白尼提出日心说，西方人才开始从宗教统治中解脱出来，为此哥白尼受迫害，伽利略被判刑，布鲁诺被烧死。后来文艺复兴、启蒙运动让科学精神成为西方思想里的常识，其中牛顿的万有引力定律，才让日心说有了理论证明。
然而令人惊奇的是，牛顿在后四十年的生命力，从研究科学转变为研究神学，他为什么会这样做呢？
按照牛顿的说法，在三维空间里，天体是按照万有引力定律来运行的，但这不能证明上帝不在，上帝存在的，因为万有引力就是上帝创造的。上帝在创造万物的时候，为其制定了运行规则。那么，牛顿为什么会提出这样一套为神学辩解的理论呢？
其一，牛顿搞不清楚宇宙的是怎样起源的。事实上，在爱因斯坦提出相对论理论之后，才有了相对来说让人比较信服的大爆炸理论。在这之前，没办法解决，唯有相信这个世界是上帝创造的。
其二，牛顿出生的环境的影响，其继父是牧师，接受的教育是宗教教育，而在大学的时候上的也是关于宗教方面的学校，目的就是为了毕业后做一名牧师。因此，牛顿并不是到晚年才开始信神学的，而是很小的时候就开始相信了神学，在那个时候信仰圣经和科学研究是完全不矛盾的两个东西，因为那时候的哥白尼和伽利略也都是宗教徒。
牛顿是一位杰出的物理学家，但事实上他不是无神论者。牛顿一生写了许多书，其中近80%是宗教书籍，所以牛顿是一个彻头彻尾的有神论者。因为他相信上帝，牛顿致力于科学研究，以找出自然现象背后的原因。每次探索事物的规律，都试图接近上帝。在牛顿时代，他建立了牛顿的力学体系，但这与上帝并不矛盾。牛顿发现自然有自己的规律，反映了上帝对一切事物的精确控制。
牛顿的研究告诉我们宇宙是如此微妙，以至于它一定是上帝的意志。至于牛顿本人，他从未真正思考和质疑上帝创造万物的合理性。真正开始挑战上帝存在的科学家是拉普拉斯。当他把他的巨著《天体力学》献给拿破仑时，拿破仑发现他没有写任何赞美上帝创造万物的话。拿破仑质问他，他很自信的说，陛下，我不需要那个假设。
牛顿的信仰是时代的产物。随着科学技术的发展，宗教和科学的关系发生了很大的变化。宗教不再与科学联系在一起。宗教的创始人可以说是极其聪明的，他将当时的科学、哲学和其他领域的知识结合在一起，附着在上帝的光环上，并用模糊的语言向世界传播。它会使有神论者屈从于它，无神论者发现很难完全反驳它。然而，神学最终会被科学征服。
科学是严谨的，并且谈论证据。它不像神学那样抽象和流畅。再也很难说服人们以模糊的理由相信它。就像当人类用科学揭开日食的秘密时，没有人会相信天狗会再吃月亮，人类登上在月球后，也没有人会相信月亮上还有广寒宫。宗教最终将只会成为人们的心理安慰，永远不能凌驾于科学之上。随着细胞理论、能量和质量守恒、进化等现代科学的发展，宗教神学在自然规律中的主导地位已经被彻底打破。人们普遍认为科学技术是生产力，宗教可以继续保持在心理和社会层面。
牛顿提出了第一切线力的理论，就是地球之所以能自转，必须在初始状态有一个转动速度，而这个速度只能是上帝去拨动地球产生的。从此牛顿就无比相信神学。
